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Um eine möglichst lange und kontinuierliche Marktbelieferung zu gewährleisten, sollte ein ausreichender Teil der Ernte eingelagert werden. Voraussetzung für ein gutes Lagerergebnis ist zunächst die Verwendung geeigneter Sorten (siehe Aufstellung). Dies umso mehr, als in der Bundesrepublik die austriebsverhindernde Behandlung mit MH 30 (Maleinsäure-Hydrazid) verboten ist.

Exaktversuche zur Ermittlung der optimalen Lagerbedingungen liegen nicht vor. Die optimale Temperatur wird nach österreichischen, holländischen und dänischen Erfahrungen mit +/- 0°C angenommen. Da die Zwiebeln während der Lagerung Wasser abgeben und Wärme produzieren, empfiehlt sich ein wiederholtes Durchblasen mit Kühlluft (relative Luftfeuchte 65 % - 70 %). Die Kühltemperatur sollte jedoch nicht unter -1° C liegen, da der Gefrierpunkt der Zwiebel bei etwa -1,5° C liegt.

Wichtig ist, daß die Temperatur der ins Lager eingeblasenen Luft nicht über der der Zwiebel liegt, um die Bildung von Schwitzwasser zu vermeiden! Es empfiehlt sich eine, ständige Lagerüberwachung mit Temperaturfühlern.

Lagerfäule und Austriebsneigung bedeuten erhöhte biologische Aktivität, was gleichbedeutend mit einer Temperaturerhöhung ist.

Die Lagerung selbst erfolgt in Großkisten oder loser Schüttung. Die bessere Methode wird vorwiegend durch Betriebs- und Vermarktungsstruktur bestimmt. Lose Schüttung (2 - 3 m max.) läßt sich generell leichter und genauer belüften. Großkisten wiederum vermeiden ein Übergreifen von Infektionen, und die Aufnahme von kleineren Mengen aus dem Lager beeinflußt andere Partien nur wenig. Eine Lagerungsfähigkeit ohne Kühlmaßnahmen wird im allgemeinen bis max. Februar angenommen. Mit ausreichender Kühlung lassen sich Zeiten bis April/Mai erzielen.